ZEPHIR besteht aus den drei Hauptpaketen Warenwirtschaft, Rechnungswesen und Produktion. Zu jedem Hauptpaket sind Zusatzpakete und Module erhältlich die weitere Funktionen bereitstellen. Basis für alle Pakete und Module ist grundsätzlich das Hauptpaket Warenwirtschaft. Auf ihm bauen alle Funktionen auf. In den Haupt- und Zusatzpaketen ist immer bereits eine Benutzerlizenz enthalten. Die Anzahl der Nutzer kann dann durch weitere Benutzerlizenzen zum jeweiligen Paket erweitert werden. Die Benutzeranzahl der Module richtet sich immer nach der vorhandenen Lizenzanzahl des Hauptpaketes.